Föreningen bildades 1899 som Sveriges första naturskyddsförening, under namnet ”Föreningen till skyddande av Måkläppens fogelfauna”, sedan några år med förenklat tillägg, ”Måkläppsföreningen”.
1902 arrenderade föreningen Måkläppen av markägaren, Skanör/Falsterbo kommun. Föreningen övertog därmed förvaltningen av ön. Detta innebar bland annat att ön fridlystes under fåglarnas häckningstid samtidigt som föreningen utförde årliga inventeringar av fågelbeståndet och dess förändringar – en verksamhet som fortfarande pågår.
1971 fick Måkläppen naturreservatets status och därmed övertog länsstyrelsen förvaltningen av ön. Föreningen står för den årliga tillsynen av Måkläppen, så att rådande tillträdesförbud i möjligaste mån respekteras. Den numera starkt decimerade häckfågelfaunan kräver skydd mot mänskliga störningar liksom knubb- och gråsälar, som på Måkläppen har ett av sina främsta tillhåll i södra Östersjön för pälsömsning och kutning. Inventering av häckfågelbeståndet och kontroll av sälbeståndet har skett även efter reservatets tillkomst.
Måkläppens sammanväxning med fastlandet på 1990-talet har haft katastrofala effekter på fågellivet. Fyrbenta rovdjur, främst räv, har fått tillträde till ön och dess rika skafferi. Begreppet fågelö har med ens tonat bort. Att finna en lösning på detta naturproblem är inte lätt och många lösningar har föreslagits, dock utan att vara nämnvärt användbara. Måkläppsföreningen har länge diskuterat och även prövat olika försök att hålla räven borta. Dessa försök och föreningens tillsynsman Jan-Åke Hillarps studier av rävens beteende på Måkläppen borde kunna ge resultat.
Räv på Måkläppen. Foto: Jan-Åke Hillarp
Även om Måkläppen inte längre kan betraktas som en ö har dess betydelse som naturreservat inte minskat. Beträdnadsförbudet den 1/2 – 31/10 och tillsynen på Måkläppen ger ett bra skydd åt ett av de få, ekologiskt sett, orörda naturreservaten i Sverige.
Måkläppen har ständigt vuxit sedan mitten på 1950-talet och dess sammanväxning med fastlandet har förutom de negativa konsekvenserna för fågellivet även medfört vissa positiva konsekvenser. Sedan sammanväxningen har Måkläppen, fortsatt att växa mot Skanörs hamn som en breddad strand. Den naturliga transporten av sand och grus mot norr har både orsakat en väsentlig breddning av stranden och tillväxt av revlarna. Tillsamman minskar det risken för kraftig erosion vid tillfälliga, extrema högvatten.